Het programma Green Shipping Waddenzee heeft als doel om de innovaties op het gebied van CO2-neutrale en fossielvrije scheepvaart voor de Waddenvloot te versnellen en de daarbij behorende havenfaciliteiten- en infrastructuur te ontwikkelen. Dit alles om de ambitie van 60% CO2 uitstootreductie in 2030 voor het Waddengebied te ondersteunen.